Keby sme mali vystaviť rodný list školy, museli by sme sa vrátiť do roku 1988, kedy v ZŠ L. Novomeského 4 bola zriadená jedna trieda 5. ročníka so zameraním na matematiku, kmeňovo pričlenená ku Gymnáziu na bývalej Šmeralovej ulici. Z podnetu odboru školstva bývalého KNV a v spolupráci s PF UPJŠ v Košiciach vznikala škola typu osemročného gymnázia ako druhá na Slovensku. Cieľom bolo nielen vyhľadávať matematicky nadané deti už od 5. ročníka a poskytnúť im možnosť realizácie v matematike, ale rozvíjať aj ich všestrannosť, schopnosť jazykovej komunikácie a riešenia teoretických a praktických problémov.
O rok pribudli ďalšie dve triedy a prví štyria kmeňoví vyučujúci. Aj keď tri triedy novovznikajúcej školy – dve triedy osemročného a jedna trieda štvorročného gymnázia so zameraním na matematiku – ešte v septembri 1989 patrili pod riaditeľstvo základnej školy, školský rok 1989 – 1990 sa už ukončil pod vedením riaditeľa RNDr. Otta Pálinského.
Rok 1989 priniesol nielen zmenu politického a spoločenského systému v našej spoločnosti, ale odhalil aj veľa neriešených problémov, či mnoho vyvolaných konfliktov. O osude školy sa rozhodovalo počas hlavných prázdnin v roku 1990.
Napriek entuziazmu a podpore rodičov sa školský rok 1990 – 1991 začal na ulici. Dva týždne výchovno-vzdelávací proces prebiehal v posluchárňach PF UPJŠ. Riešenie zložitej situácie ponúkol Ing. Ladislav Makó, CSc., riaditeľ SPŠH na Alejovej ulici v Košiciach.
24. 09. 1990 sa osem tried gymnázia spolu s pedagogickým zborom nasťahovalo do budovy hutníckej priemyslovky. Riaditeľ SPŠH sa stal aj riaditeľom gymnázia a zaslúžil sa o riešenie priestorových problémov prístavbou, v ktorej sa dodnes nachádza deväť tried, tri učebne cudzích jazykov, dve učebne výpočtovej techniky a jeden kabinet.
V školskom roku 2004/2005 Gymnázium na Alejovej 1 v Košiciach začína písať svoju novú históriu, ako po prvýkrát úplne samostatný subjekt s vlastným nezávislým vedením. Riaditeľom školy sa stal PhDr. Ľubomír Sobek.
Gymnázium je špecifické tým, že do školského roku 2008/2009 otváralo triedy osemročného a štvorročného štúdia – osemročného so zameraním na matematiku a štvorročného bez špeciálneho zamerania.
Od školského roka 2008/2009 vstúpil do platnosti Zákon č. 245/2008 Z. z. (školský zákon), na základe ktorého škola vypracovala Školský vzdelávací program pod názvom S Alejkou ku vzdelaniu.
Rozhodnutím Zastupiteľstva Košického samosprávneho kraja v rámci tretej etapy racionalizácie siete škôl bola ku dňu 31. 08. 2011 zo siete stredných škôl vyradená Stredná priemyselná škola hutnícka, ktorej triedy boli presťahované na Strednú priemyselnú školu strojnícku, čím naša škola získala samostatnú budovu.
Zároveň k tomuto dátumu bolo zo siete škôl vyradené Gymnázium, Exnárova 10, Košice, ktorého triedy boli pričlenené k nášmu gymnáziu. Tým vzrástol počet tried v škole na 26. Okrem klasických tried štvorročného štúdia pribudli aj dve triedy pre intelektovo nadané deti.
| ŠKOLSKÝ ROK | POČET TRIED | POČET | SPOLU | ||
| 4-ROČNÉHO ŠTÚDIA | 8-ROČNÉHO ŠTÚDIA | MATURITNÝCH TRIED | ŽIAKOV | ||
| 1988 – 1989 | – | 1 | – | – | 26 |
| 1989 – 1990 | 1 | 2 | – | – | 72 |
| 1990 – 1991 | 5 | 3 | – | – | 227 |
| 1991 – 1992 | 6 | 4 | – | – | 272 |
| 1992 – 1993 | 7 | 5 | 1 | 20 | 340 |
| 1993 – 1994 | 8 | 6 | 4 | 114 | 410 |
| 1994 – 1995 | 5 | 8 | 1 | 24 | 387 |
| 1995 – 1996 | 5 | 10 | 2 | 64 | 471 |
| 1996 – 1997 | 4 | 11 | 3 | 83 | 470 |
| 1997 – 1998 | 2 | 12 | 2 | 63 | 447 |
| 1998 – 1999 | 1 | 14 | 2 | 69 | 456 |
| 1999 – 2000 | – | 14 | 1 | 31 | 442 |
| 2000 – 2001 | – | 14 | 1 | 31 | 441 |
| 2001 – 2002 | – | 15 | 2 | 52 | 458 |
| 2002 – 2003 | – | 14 | 2 | 65 | 429 |
| 2003 – 2004 | 1 | 13 | 2 | 59 | 423 |
| 2004 – 2005 | 2 | 12 | 2 | 56 | 422 |
| 2005 – 2006 | 3 | 11 | 2 | 83 | 433 |
| 2006 – 2007 | 4 | 11 | 3 | 86 | 455 |
| 2007 – 2008 | 4 | 10 | 2 | 60 | 431 |
| 2008 – 2009 | 4 | 11 | 3 | 85 | 444 |
| 2009 – 2010 | 5 | 9 | 2 | 66 | 400 |
| 2010 – 2011 | 6 | 10 | 2 | 64 | 436 |
| 2011 – 2012 | 16 | 10 | 6 | 164 | 633 |
| 2012 – 2013 | 12 | 11 | 5 | 118 | 573 |
| 2013 – 2014 | 10 | 11 | 5 | 124 | 564 |
| 2014 – 2015 | 9 | 11 | 3 | 74 | 544 |
| 2015 – 2016 | 8 | 13 | 3 | 95 | 570 |
| 2016 – 2017 | 7 | 14 | 3 | 67 | 548 |
| 2017 – 2018 | 5 | 16 | 4 | 100 | 553 |
| 2018 – 2019 | 4 | 16 | 2 | 56 | 526 |
| 2019 – 2020 | 5 | 16 | 3 | 75 | 518 |
| 2020 – 2021 | 5 | 16 | 3 | 80 | 503 |
| 2021 – 2022 | 5 | 16 | 3 | 70 | 485 |
| 2022 – 2023 | 5 | 16 | 5 | 105 | 469 |
| 2023 – 2024 | 4 | 15 | 3 | 75 | 428 |
| 2024 – 2025 | 5 | 16 | 3 | 62 | 452 |
| 2025 – 2026 | 6 | 16 | 3 | 72 | 484 |
NA ČELE ŠKOLY STÁLI OD JEJ ZALOŽENIA TÍTO RIADITELIA:
Michal SMILNICKÝ, riaditeľ školy v rokoch 1988 – 1989
Peter FEDOROČKO, riaditeľ školy v rokoch 1989 – 1990
RNDr. Otto PÁLINSKÝ, riaditeľ školy v roku 1990
Ing. Ladislav MAKÓ, CSc., riaditeľ školy v rokoch 1990 – 2004
PhDr. Ľubomír SOBEK, riaditeľ školy v rokoch 2004 – 2023
RNDr. Tímea KRAJŇÁKOVÁ, riaditeľka školy od roku 2023
DO FUNKCIE ZÁSTUPCU RIADITEĽA ŠKOLY BOLI POVERENÍ:
RNDr. Anton KUCHTA, zástupca riaditeľa školy v rokoch 1990 – 1991
RNDr. Marián RUŽIČKA, zástupca riaditeľa školy v rokoch 1991 – 1994
RNDr. Anton KUCHTA, zástupca riaditeľa školy v rokoch 1992 – 2008
Mgr. Adriána GODOČÍKOVÁ, zástupkyňa riaditeľa školy od roku 2008
RNDr. Vladimír KORČEK, zástupca riaditeľa školy v rokoch 2008 – 2009
RNDr. Monika MARTINKOVÁ, zástupkyňa riaditeľa školy od roku 2019
Mgr. Viola TORMOVÁ, zástupkyňa riaditeľa školy v rokoch 2011 – 2013
RNDr. Beáta VAVRINČÍKOVÁ, zástupkyňa riaditeľa školy v rokoch 2009 – 2019
Vďaka dlhoročnej húževnatosti celého pedagogického zboru a dosiahnutým študijným výsledkom žiakov sa naše gymnázium zaradilo medzi renomované školy nielen vo východoslovenskom regióne, ale aj v rámci celého Slovenska. Mnohí z jeho absolventov šíria dobré meno školy i v zahraničí.